Die beiden Medikamente Tenofovir und Emtricitabine sind in der HIV-Therapie seit Jahren bekannt. Unter dieser Kombination kann es sehr selten zu Nieren-, Leber- und Knochenschäden kommen. Sie dürfen daher nicht bei einer schweren vorbestehenden Erkrankung an diesen Organen eingenommen werden. Zudem benötigt es regelmässige Blutkontrollen, um eine Schädigung der Organe rechtzeitig zu bemerken. Wird PrEP eingenommen, obwohl sich eine Person mit HIV infiziert hat, kann es zu Resistenzentwicklung beim Virus kommen, da TDF/FTC keine vollständige HIV-Therapie darstellt. PrEP darf zudem nicht bei einer akuten Hepatitis B Infektion eingenommen werden, da es hier nach Absetzen der PrEP zu einer Verschlimmerung der Leberentzündung kommen kann. PrEP schützt zudem nur gegen HIV und nicht gegen andere sexuell übertrag bare Krankheiten und ist daher in Kombination mit Kondomen empfohlen. Werden Kondome nicht konsequent angewendet, sollten andere sexuell übertragbare Erkrankungen regelmässig ausgeschlossen werden.