Eine bevorzugte Methode der Endometriose-Diagnostik stellt die Magnetresonanz-Untersuchung dar. Insbesondere ist die Magnetresonanztomographie (MRT) die Methode der Wahl um präoperativ die Ausdehnung der Endometriose zu beurteilen und mögliche Infiltrationen anderer Gewebe festzustellen. Da die Endometriose in kleinen Herden vorkommen kann, ist es nicht immer einfach, alle diese zu finden. Die Endometriose wird aufgrund ihres häufigen Vorkommens gelegentlich als Zufallsbefund bei MRT-Untersuchungen festgestellt.
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